El Colegio San Luis Gonzaga fue fundado el día 23 de Enero de 1.887 por el entonces Párroco de Zipaquirá Presbítero Doctor ULDARICO CAMACHO, quien fue su Rector hasta el año 1.895.

El doctor CAMACHO obtuvo del Gobierno Nacional el Decreto 063 BIS de 1.889, con el cual el Colegio recibe un auxilio de $ 2.500 pesos moneda corriente, pagaderos por duodécimas partes (Art 1°) con la obligación de mantener doce becas para estudiantes internos a la Suprema Inspección del Gobierno (ART 5°), el Decreto está firmado en el municipio de ANAPOIMA Departamento de Cundinamarca el 29 de Enero por el Doctor CARLOS HOLGUIN, como Presidente de la República y por Doctor CASAS ROJAS, como Ministro de Instrucción Pública.

El 1 de Enero de 1.890 el Gobierno dictó un nuevo decreto: 053 por el cual dio al Colegio el carácter de OFICIAL y desde entonces se llamó NACIONAL. En 1.895 a causa de la guerra civil, el Colegio fue clausurado y sus aulas convertidas en cuarteles de tropas. Por resolución 031 del Ministerio de Instrucción Pública, del 27 de Abril de 1.896 se organizó nuevamente el Colegio y fue nombrado el doctor JOSÉ JOAQUÍN CASAS.

El 11 de Mayo se inauguraron las tareas en sesión solemne a la que concurrieron, entre otras personalidades MONSEÑOR RAFAEL MARÍA CARRASQUILLA, Ministro de Instrucción Pública S.E. Monseñor ENRIQUE SIBILIA, encargado de negocios de S.S. LEÓN XXIII, y don JORGE HOLGUIN, Ministro de Relaciones Exteriores. El Doctor CASAS estuvo como Rector hasta 1.899, en este año el Gobierno concedió al Colegio el privilegio de otorgar  el Grado en Filosofía y Letras. En este año de 1.899 los Horrores de la guerra de los "MIL DÍAS" convirtieron nuevamente los claustros del Colegio en cuarteles y caballerizas.

En 1.903 reanudó tareas bajo la dirección del Doctor LUIS TOMAS FALLÓN. De 1.905 a 1.906 fue rector el doctor JOSÉ MARÍA CARO GRAU. En 1.907 estuvo como Rector don FAUSTO MORENO, pero a principios de 1.908 debió retirarse por problemas internos.

Como consecuencia,  el doctor DÁVILA FLORES consiguió el traslado de auxilios que se daban al Colegio, a uno de la ciudad de MOMPOX. Clausurado el Colegio, en 1.908 el Doctor ALBERTO CORRADINE, quién se había educado en el Colegio San Luís y en el Rosario, fundó el Instituto que denominó LEÓN XIII. Esta institución funcionó hasta el año de 1.910, en el mismo Colegio que ocupara el Colegio San Luis.

A principios de 1.911 nuevamente un Párroco de Zipaquirá, el Presbítero VÍCTOR BARROS MORALES organizó el Colegio y logró la entrega del edificio y dos subvenciones: una de la nación y otra departamental, aunque ésta última no llegó a ser efectiva.

El Doctor BARROS en los años 1.911 y 1.912 fue su Rector. En el año 1.913, por medio de la Ley 102, el Gobierno Nacional reasumió la Dirección del Colegio, con una partida de $ 4.000 pesos y nombró como Rector al Doctor JOSÉ JOAQUÍN OTERO DURAN.

El Doctor OTERO desempeñó la rectoría solamente hasta finales del mes de marzo; fue reemplazado por el Presbítero EDUARDO LEÓN ORTIZ, pero así mismo su dirección duró solo dos meses, hasta finales de Mayo, encargándose por el resto del año el Vicerrector Doctor MANUEL ROBERTO MEDINA.

En los años de 1.914 y 1.915 estuvo el Colegio bajo la dirección de don RAFAEL MARÍA GARCÍA, asesorado por don MARTIN GARCÍA reconocidos pedagogos y hombres de estudio. Desde 1.916, la Comunidad de los Hijos del Corazón de María regentó el Colegio hasta el final de 1.935, tiempo en que fueron separados por el Gobierno.

Los Rectores de la Comunidad fueron los Padres PEDRO DÍAZ, ANTONIO ANCLES, FEDERICO MARTÍNEZ, PEDRO ANTUCHA y por último el Padre PEDRO GONZALES. En los exalumnos notables que se han destacado en la Industria, Comercio, Gobierno y las Letras, vale la pena destacar a GABRIEL GARCÍA MÁRQUEZ, quién ingresó a segundo de bachillerato y obtuvo título de Bachiller en el año de 1.946.

LOCALES QUE HA OCUPADO: Como "LICEO NACIONAL DE VARONES" funcionó en un local de la calle 8a # 7 -11, donde estaba el "LICEO NACIONAL FEMENINO". En 1.951 se trasladó al actual local que se proyectó originalmente en cuatro ( 4 ) pabellones, de los cuales se construyó uno de tres plantas.

El área disponible del Colegio originalmente fue de 52.550 metros cuadrados pero, por falta de muro de cierre, fue invadido por vecinos inescrupulosos que lo redujeron a 24.600 metros cuadrados que actualmente dispone para procesos pedagógicos en la formación de jóvenes y niños.

El Colegio está acreditado por la Escritura Pública 823 de Julio de 1.963 correspondiente a la Notaría Primera de Zipaquirá. La dirección actual del Colegio es calle 8a 11 - 60 y sus terrenos y edificaciones quedan adyacentes a la línea del ferrocarril y a la carretera que de Zipaquirá conduce a Nemocón.

El actual coliseo correspondía a una cancha de baloncesto y campo de tenis construido en 1.956 por el Hermano CECILIO GABRIEL con un costo de $ 7.651.20. El patio de honor, de piso de tierra con las incomodidades del lodo en invierno y polvo en verano, fue recuperado por el Hermano CECILIO GABRIEL quién contrató con la compañía "CINARCO" la pavimentación por un precio de $11.616,66.