Es un órgano de Gobierno Escolar en el cual participan representantes de los diferentes estamentos de la Comunidad Educativa, para tomar decisiones que contribuyan al desarrollo de las políticas institucionales. El Consejo Directivo de la Institución Educativa Departamental San Juan Bautista De La Salle. Está integrado por:

a. El Rector de la Institución, quien lo presidirá y convocará ordinariamente, una vez al mes y extraordinariamente cuando lo considere conveniente.
b. Dos representantes del personal Docente, elegidos por mayoría de votantes.
c. Dos representantes de los Padres de Familia, uno elegido por el Consejo de Padres de Familia y el otro, elegido por la Asamblea de Padres de Familia.
d. Un representante de los Estudiantes, elegido por el Consejo de Estudiantes; deberá estar cursando
el último Grado de Educación ofrecido por la Institución.
e. Un representante de los egresados de la Institución, elegido por el Consejo Directivo entre una terna presentada por la Asociación de Egresados de la Institución (si ésta no existe, la terna será presentada por los estudiantes de último grado).
f. Un representante del Sector Productivo.

Los Representantes del Consejo Directivo para el año 2010, son:

PRESENTACIÓN LÓPEZ GONZÁLEZ.                                  Representante Profesores Primaria

LUIS AURELIANO RODRÍGUEZ MUÑOZ.                             Representante Profesores Bachillerato

WILLIAM JAIRO PINZÒ ROZO                                           Representantes del Sector Productivo

  MIRIAN JANETH RICÒN MAYO                                        Representante del Consejo de Padres

JOSÈ ANTONIO PULIDO OCHO                                        Representante de los Egresados

ANDRÈS MAURICIO  ALARCÒN RODRÌGUEZ                      Representante de los Estudiantes